Biyoinformatik MasterClass: Başlangıç Seviyesinden İleri Düzeye R ile RNA-Seq Veri Analizi

Ataşehir Genetik

Biyoinformatik, bilim ve teknolojinin en ileri noktalarında biyoloji ve bilgi teknolojilerinin muhteşem bir kesişimidir! Geleceğin biyoloji sorunlarına yenilikçi çözümler üretmek için Biyoinformatik MasterClass kursumuza katılın. Uzman eğitmen önderliğindeki bu kurs, sizi biyoinformatik dünyasında zirveye taşıyacak. Şimdi kaydolun, kariyerinizdeeki çığır açıcı adımı atın! Ayrıntılı bilgi ve kayıt için: elif.ozdemir@atasehirgenetik.com.tr

5 MAYIS PAZAR / 09:00-15:00

• R programlama dili ve kullanım alanları

• R programlama dilinin avantajları ve dezavantajları

• R ve Python farkları

• Rstudio arayüzü

• R ve RStudio’nun indirilmesi ve kurulması

• Paket indirme işlemleri

• Mevcut dizini tanıma, değiştirme, kaydetme

• R ortamına veri yükleme

• R ortamından çalışma dizinine veri indirme

• Temel programlama prensiplerine giriş

• Değişken tipleri ( Integer, Double, Character, Logical, Factor )

• Değişkenlerle işlemler

• Veri türü kontrolü ve dönüşümleri

• Veri yapıları ( Vector, List, Matrix, Dataframe)

• Veri yapıları ile işlemler

6 MAYIS PAZARTESİ / 19:00-22:00

• TCGA veritabanını tanıma

• Pan-Canser projesi

• TCGAbiolinks paketi ile TCGA’den R ortamına veri indirme

• Liver Hepatocellular Carcinoma (LIHC) datasını tanıma

• RNA-Seq count verisinin elde edilmesi

• Örneklerle ilişkili klinik bilgilerin elde edilmesi

• Gen haritalama bilgisinin ( external gene name, gene id vb. ) elde edilmesi

• Survival analizi ( Kaplan Meier Tahminleri, Log-Rank Testi, Cox Regresyon Analizi )

7 MAYIS SALI / 19:00-22:00

• RNA-Seq

• Diferansiyel ekspresyon analizi (DEA)

• DEA için sıklıkla kullanılan algoritmalar ve farkları

• DEA için ilgili nesnelerin hazırlanması

• Diferansiyel ekspresyon analizinin gerçekleştirilmesi

• DEA sonuçlarının filtrelenmesi ve yorumlanması

8 MAYIS ÇARŞAMBA / 19:00-22:00

• Principle Component Analizi

• Normal-Tumor grupları arasında PCA grafiklerinin oluşturulması ve yorumlanması

• Heatmap

• Hierarchical clustering ve dendogram

• DEG’ler için heatmap oluşturulması ve yorumlanması

9 MAYIS PERŞEMBE / 19:00-22:00

• Over-Representation Analizi

• Gene Ontology Analizi

• Gene Ontology analizinin uygulanması, görselleştirilmesi ve yorumlanması

• Gene Set Enrichment Analizi

• MSigDB’den hallmark gen setinin indirilmesi

• Gene Set Enrichment analizinin uygulanması, görselleştirilmesi ve yorumlanması

10 MAYIS CUMA / 19:00-22:00

• Genel tekrar

• Egzersiz

• Soru-Cevap